Die Brunnenkresse ist eine typische Wasserpflanze und wächst im Bereich langsam fliessender Gewässer. Während sie mit Wurzel und dem unteren Sprossabschnitt im Wasser untergetaucht ist, ragen die oberen Bereiche meist etwas über die Wasseroberfläche. Der Stängel ist mehrheitlich kriechend und dabei bis zu einem Meter lang. Er wurzelt jeweils an den Knotenpunkten und wächst nur leicht aufsteigend in die Höhe. Mit dem Stängel breitet sich die Art auch vegetativ entlang von Wasserläufen aus, so dass sich mit der Zeit dichte Teppiche bilden. Die Hohlräume in der Mitte des Stängels stellen unter Wasser den Sauerstofftransport sicher. Dank der weichen Ausbildung können die Stängel der Strömung nachgeben und brechen dadurch nicht so leicht. Eine starke Strömung hat aber eine zu starke mechanische Belastung zur Folge, so dass in diesem Fall die Stängel trotzdem beschädigt werden können. Ausserdem können dabei auch die zarten Wurzeln herausgerissen werden. Abgetrennte und fortgespülte Sprossbereiche können sich aber flussabwärts wieder neu bewurzeln. Bei Gewässern, wo generell eine starke Strömung herrscht, kann die Brunnenkresse aber trotzdem überleben, sofern sie sich hinter Steinen ansiedelt, wo die Strömung reduziert ist. Die Strömung darf aber auch nicht stagnieren, denn das würde zur Versandung oder raschen Verschlammung des Gewässergrundes und damit ebenfalls zum Absterben der Pflanzen führen. Weiter darf der Wasserpegel nicht zu grossen Schwankungen unterworfen sein, denn bereits eine kurze Austrocknungsperiode von wenigen Tagen kann sich für entsprechende Sprossabschnitte fatal auswirken. Die Art hat auch Anforderungen an die Qualität des Wassers, denn dieses muss klar und ständig kühl sein.  Ebenso verträgt sie keine zu starke Nährstoffanreicherung mit Stickstoff und Phosphat, denn damit wird sie rasch von anderen Arten verdrängt, bzw. von Algenbewuchs überzogen. Stattdessen braucht sie im Wasser hohe Konzentrationen an Calcium und Magnesium, was vor allem in Kalkgebieten der Fall ist. Die idealen Lebensbedingungen findet die Brunnenkresse an Quellbächen (schwache Strömung, mineralstoffreich, kaum Stickstoff, konstante Temperatur und konstanter Wasserspiegel).

Auf jedenfall ist die Art ausdrücklich kein Zeiger eutrophierter oder verschmutzter Gewässer, wie man oft im Internet liest, sondern eher das Gegenteil. Warnungen, die beim Konsum auf die Gefahr einer Infektion mit dem Grossen Leberegel hinweisen, sollte man ober trotzdem ernst nehmen. Der Grosse Leberegel ist ein Parasit, der bei einer Infektion die Leber angreift. Er kommt vor allem in den Gebieten mit Weidewirtschaft vor. Deren Eier können sich nämlich an Wasserpflanze, wie der Brunnenkresse, anhaften, wodurch man sich durch einen rohen Verzehr damit infizieren kann. Zahlreiche Fälle, die auf den Verzehr von Brunnenkresse zurückgeführt wurden, wurden in der Vergangenheit vor allem in Frankreich, aber auch vereinzelt in der Schweiz dokumentiert! Abwaschen reicht nicht, sondern nur Erhitzen (>60°C, mind. 1min) tötet die Eier ab. Dies bringt jedoch nicht viel, da man die Brunnenkresse kulinarisch roh nutzt /wegen der Verflüchtigung des Aromas beim Erhitzen). Für den rohen Verzehr darf man Brunnenkresse nur in Gewässern sammeln, die kühl und klar und vor allem nicht von Weiden (direkt in der Nähe oder Gewässeraufwärts) beeinflusst sind!

Mit seinem würzig-scharfen Geschmack ist die Brunnenkresse ein hervorragendes Würzkraut. Wie für Kreuzblütler typisch, kommen Geschmack und Schärfe von den enthaltenen Senfölglykosiden. Da sich diese beim Trocknen und Erhitzen rasch verflüchtigen, wird das Kraut bevorzugt roh verwendet, z.B. als Salatwürze, Pesto oder im Kräuterbutter. Traditionell wurde die Brunnenkresse aber auch als Frühlingsgemüse und für Supppen verwendet. Dabei sollten die Blätter für einen optimalen Geschmack aber nur schonend und kurz angedünstet werden, resp. bei der Suppe wirklich erst am Ende der Kochzeit dazugegebenen werden. Da die Brunnenkresse in der Regel wintergrün ist, kann sie das ganze Jahr gesammelt werden, wobei der Geschmack im Frühling und Herbst (dann wenn viele neue Triebe gebildet werden) am besten ist. Im Sommer ist der Geschmack etwas bitterer. Die Brunnenkresse ist nicht nur eine heimische Wildpflanze, sondern wird seit dem 19. Jahrhundert auch landwirtschaftlich kultiviert. Der Anbau erfolgt in sogenannten «Kressegärten», also flachen Wasserbecken, die konstant mit klarem, kühlem und kalkhaltigem Quellwasser durchströmt werden. Von Herbst bis Frühling erfolgt dann alle paar Wochen eine Ernte der Triebspitzen. Im Supermarkt kann man diese dann als Frischprodukt kaufen (in Migros oder Coop oft in Kunststoff-Schale verpackt und mit kurzer Haltbarkeit).