Der Echte Wacholder ist innerhalb der Nadelbäume ein Exot, denn er bildet keine typischen Tannenzapfen, sondern so etwas wie «Beeren». Wobei dies bei genauem Hinsehen so nicht stimmt, denn Nadelbäume, die erdgeschichtlich etwas älter sind als die typischen Blütenpflanzen, bilden keine Früchte und können daher auch keine Beeren produzieren. Vielmehr handelt es um Zapfen, die fleischig ausgebildet sind und daher «Beerenzapfen» genannt werden. Der Gemeine Wacholder ist nicht nur windbestäubend, sondern auch zweihäusig (diözisch), d.h. es gibt rein männliche Exemplare (mit nur männlichen Blütenzapfen) und weibliche Exemplare (mit nur weiblichen Blütenzapfen).

Die weiblichen Blütenzapfen enthalten drei Einzelblüten (d.h. 3 Schuppenblätter) mit je einer Samenanlage. Zwischen Bestäubung und Befruchtung vergehen danach einige Monate. Ab dem Frühling des 2. Jahres beginnt nun die Entwicklung zu den Beerenzapfen, indem die drei Samenschuppen zusammenwachsen, fleischig werden und viele Ätherische Öle einlagern. Von den drei Samenanlagen reifen jedoch in der Regel nur eine oder zwei zu einem Samen heran. Die unreifen Beerenzapfen sind noch grün und durch den hohen Anteil reizender Ätherischen Öle, sollten diese nicht verzehrt werden. Die Endreife erfolgt erst im Spätsommer des 3. Jahr, indem sie dann auch schwarzblau werden. Zu diesem Zeitpunkt wird nun auch der Zucker (v.a. Glukose und Fruktose) eingelagert, dessen Anteil bei reifen Exemplaren bei 8 bis 15% des Frischgewichtes liegt. Die beste Zeit zum Sammeln, d.h. wo die Beerenzapfen würzig, süss und verträglich sind, ist dann (abhängig von der Höhe) so Mitte September bis November (je höher, desto später der Reife-Zeitpunkt). Da der Wacholder in der Regel jedes Jahr blüht (jedoch mit unterschiedlicher Intensität), sieht man nicht selten an einem Strauch gleichzeitig sowohl reife Beerenzapfen, als auch grüne Exemplare (aus der Blüte ein Jahr später).

Die reifen Beerenzapfen bleiben (wie echte Beeren) auch im reifen Zustand geschlossen. Die Ausbreitung erfolgt, indem die Beerenzapfen über den Winter (dank dem Zuckergehalt) von den Vögeln (v.a. Drosselarten wie die Wacholderdrossel) gefressen werden und der Samen unverdaut wieder ausgeschieden wird. Während die entsprechenden Vogelarten die Ätherischen Ölen gut vertragen (teils sogar Enzyme haben, welche diese abbauen können), sind diese gegen Insekten oder auch Säugetiere ein wirksamer Frassschutz. Für uns Menschen sind die Beerenzapfen nicht nur ein leckeres Gewürz, sondern unterstützen auch die Fettverdauung schwerer Speisen. In hohen Dosen führen die die Ätherischen Öle  jedoch zu einer Reizung der Magenschleimhaut und in der Folge zu Magenschmerzen, Übelkeit, Durchfall und auch verstärkter Harnaussscheidung. Bei regelmässigem Verzehr sind auch Nierenschäden möglich. Für die Aufbewahrung werden gesammelte Beerenzapfen getrocknet (entweder Lufttrocknung oder im Backofen Umluft / Dörren max 40°C) bis sie hart sind. Dabei steigt der Zuckergehalt, gleichzeitig verdampfen dabei aber auch gewisse leichtflüchtige Ätherische Öle und zwar vor allem jene, die besonders reizend für die Schleimhäute sind. Damit wird der Geschmack süsser und milder, gleichzeitig sind die Beerenzapfen aber auch weniger reizend (bzw. scharf) und verträglicher. Eine ähnliche Umwandlung findet bei Beerenzapfen statt, die am Strauch überwintern und dann im nächsten Frühling gesammelt werden.

Der Gemeine Wacholder hat auf der Nordhemisphäre ein sehr weites Verbreitungsgebiet von nahezu dem gesamten Europa (Mittelmeer bis Norden von Skandinavien), über Sibirien, Zentralasien, Ostasien bis Nordamerika. Dabei gibt es mehrere (je nach Quelle 6 bis 8) Unterarten. Hierzulande kommen einerseits der Gewöhnlicher Wacholder (subsp. communis), andererseits (v.a. im Gebirge) der als Zwergstrauch ausgebildete Zwerg-Wacholder (subsp. alpina) vor. Beide Unterarten sind lichtbedürftig und benötigen nährstoffarmen, trockenen Boden. Das können einerseits lichte Nadelwälder, Büsche auf Magerwiesen, Kieshänge, Felsvorsprünge, die Krummholzzone über der Baumgrenze oder auch aufgegebene Weiden sein, wo der Boden durch Nährstoffentzug und Erosion verarmt ist. Wegen seinen spitz-stechenden Nadeln wird der Echte Wacholder ausserdem im Gegensatz zu anderen (konkurrenzstärkeren) Sträucher / Baumarten durch das Vieh gemieden. Auf diese Weise sind die typischen Wacholderheiden der Schwäbischen Alb entstanden, indem sich der Wacholder durch fehlenden Verbiss immer mehr in der Landschaft angereichert hat. Teilweise wird auch heute noch die Beweidung fortgesetzt, um diese Kulturlandschaften zu erhalten.

Pollendaten zeigen, dass der Echte Wacholder während der letzten Eiszeit eine der wenigen Straucharten war, welche in der Kältesteppe (Mammutsteppe) Mitteleuropas verbreitet war (nicht flächendeckend, aber mosaikartig auf geeigneten Standorten). Dies nicht zuletzt durch seine extreme Frosthärte, Wind- und Trockenresistenz. Am Ende der Eiszeit gehörte er dann zu den wichtigsten und bedeutendsten Pionierpflanzen, welche die Flächen abschmelzender Gletscher wiederbesiedelten. Mit der zunehmenden Wiederbewaldung nahm seine Bedeutung dann ab, resp. nahm dann kurze Zeit später durch menschliche Rodungen und Weidewirtschaft wieder zu. In Steinzeitlichen Fundstellen Mitteleuropas wurde auch verkohltes Wacholderholz gefunden. Vermutlich wurde es nicht nur genutzt, weil es auch in feuchtem Zustand noch gut brennt, sondern auch zum Räuchern (um damit Insekten zu vertreiben oder um Kleider und Häute zu desinfizieren). Inwiefern durch den angenehmen Geruch beim Räuchern auch rituelle Verwendungen eine Rolle spielten ist schwierig zu sagen. Zumindest ist diese Praxis heuzutage bei den nomadischen Sibirischen Völkern weit verbreitet. Bei den Kelten und Germanen war der Wacholder heilig und galt als Schutz- und Reinigungspflanze (bei den Germanen zusätzlich auch Symbol der Unvergänglichkeit und Leben nach dem Tod). Rituelles Räuchern war während kultischen Zeremonien weit verbreitet. Die Christen übernahmen diese Symbolik, deuteten sie aber biblisch um, indem die Sage erzählt wurde, dass der Wacholder einst der Jungfrau Maria auf der Flucht nach Ägypten ein Versteck bot, um nicht erkannt zu werden. Für das Räuchern werden getrocknete dünne Zweige verwendet (ca. 2 bis 4 Wochen Lufttrocknung), die angezündet werden und (sobald eine Flamme aufsteigt) ausgepustet werden. Man kann das Holz auch auf die Räucherkohle oder (stark abgekühlte) Glut legen. Auch getrocknete Beerenzapfen werden zum Räuchern verwendet (auf der Räucherkohle oder im Stövchen).