Der Echte Wacholder ist zweihäusig (diözisch), d.h. es gibt rein männliche Exemplare (mit nur männlichen Blütenzapfen) und weibliche Exemplare (mit nur weiblichen Blütenzapfen). Die Bestäubung erfolgt über den Wind. Zwischen Bestäubung und Befruchtung vergehen erst mal mehrere Monate. Auch bei der anschliessenden Samenreife lässt sich der Echte Wacholder viel Zeit, denn der fleischige Zapfen («Beerenzapfen»), wo die Samen enthalten sind, entwickelt sich erst ab dem nächsten Jahr (im Winter des 2. Jahres) und ist dann noch grün gefärbt. Die definitive Reifung erfolgt nochmal ein Jahr später (im 3. Jahr), wo sich dann die typische schwarzblaue Farbe ausbildet. Die Verbreitung der Samen erfolgt über diverse Vögel (wie z.B. der Wacholderdrossel).

Der Beerenzapfen darf nicht mit einer «Beere» verwechselt werden. Denn der Echte Wacholder bildet als Vetreter der Nacktsamer (Gymnospermen) keine Früchte aus (siehe hier). Stattdessen werden wie bei den anderen bekannten Nadelbäumen (Fichte, Weisstanne,…) Zapfen gebildet, mit dem Unterschied dass dieser beim Wacholder fleischig ausgebildet ist.

Der Gemeine Wacholder hat zwar am liebsten eher saure Standorte, kommt aber auch auf kalkhaltigen Böden vor. Man findet ihn in trockenen lichten Wäldern, auf Felsvorsprüngen oder in Heiden. 

Durch die Weidenutzung sind in der Schwäbischen Alb oder auch der Lüneburger Heide auf trockenen, nährstoffarmen Standorten die typische Wacholder-Heiden entstanden. Wegen seinen spitz-stechenden Nadeln wird der Echte Wacholder im Gegensatz zu anderen (konkurrenzstärkeren) Sträucher / Baumarten durch das Vieh gemieden, so dass er mit der Zeit das Landschaftsbild dominiert. Teilweise wird auch heute noch die Beweidung fortgesetzt, um diese Kulturlandschaften zu erhalten.

Vom Gemeinen Wacholder gibt es zahlreiche Unterarten. Bei uns sind zwei davon heimisch:

Gewöhnlicher-Wacholder (subsp. communis): 

• Strauch bis 3m Höhe (selten Baum)

• Nadeln abstehend, deutlich stechend und ca. 2x so lang wie die Beerenzapfen, 

• blüht April / Mai

• Vorkommen in lichten Wäldern, Felsvorsprünge, als Gebüsch

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